Procesi prečišćavanja sintetičkog bezvodnog etanola i fermentiranog etanola značajno se razlikuju zbog različitih nečistoća koje sadrže. Glavne nečistoće u otopini etanola dobivene fermentacijom uključuju acetaldehid, sirćetnu kiselinu i razne estre, zajedno sa zaostalim čvrstim česticama koje nastaju tokom fermentacije. Prilikom prečišćavanja, tečno{2}}odvajanje čvrste tvari se obično postiže prvo u koloni za primarnu destilaciju, destilacijom isparljivih komponenti i vode. Nakon toga, etanol se dalje koncentriše i nečistoće se uklanjaju u koloni za ispravljanje. Budući da je octena kiselina u fermentacionom bujonu veoma korozivna za opremu, aparat za destilaciju mora biti izrađen od materijala otpornih na koroziju-.
Ekstrakciona destilacija je posebna metoda destilacije, koja se obično sastoji od glavne kolone (za odvajanje lakših komponenti) i sekundarne kolone (za rekuperaciju ekstraktanta). Pogodan je za tečne mješavine koje je teško odvojiti konvencionalnom destilacijom. Njegov osnovni princip je da se u destilacioni sistem uvede treća komponenta (nazvana ekstraktant), čime se menja relativna isparljivost komponenti u originalnoj smeši i postiže efektivno odvajanje.
Uzimajući za primjer etilen glikol kao ekstraktant, etilen glikol ima visoku tačku ključanja (skoro 200 stepeni). Kada se doda u sistem etanola-vode, remeti postojeći azeotropni sistem. U glavnoj koloni, bezvodni etanol destilira se odozgo, dok se etilen glikol i voda pumpaju sa dna kolone u pomoćnu kolonu pod pritiskom. Voda se zatim destiluje sa vrha pomoćne kolone, dok se etilen glikol ispušta sa dna i reciklira nazad u glavnu kolonu.
Proces ekstrakcijske destilacije koji se koristi u procesu rafiniranja sirovog alkohola razlikuje se od konvencionalnih metoda. Općenito, ekstraktivna destilacija zahtijeva dodatni korak obnavljanja ekstraktanta. Međutim, ekstratant koji se koristi u procesu rafinacije sirovog alkohola je voda, koja je već u izobilju u sistemu. Zbog toga ekstratant ne treba odvojeno odvajati i može se ispuštati zajedno sa ostatkom dna, ulazeći u naknadne jedinice za destilaciju radi dalje obrade.
