Iako se i izopropanol i etanol izopropanol sastoje od ugljika, vodika i kisika, njihove molekularne strukture se razlikuju. Izopropanol ima molekulsku formulu CH3CH2CH2OH, što ga čini zasićenim organskim jedinjenjem sa tri-ugljika, dok etanol izopropanol ima molekulsku formulu (CH3)2CHOH, što ga čini organskim jedinjenjem koje sadrži jedan hiralni atom ugljika.
Tačke ključanja se razlikuju: izopropanol ključa na 97,2 stepena, dok etanol izopropanol ključa na 82,4 stepena. Na sobnoj temperaturi, izopropanol je bezbojna, providna tečnost, dok je etanol blijedožuta tekućina.
Rastvorljivost se razlikuje: zbog svoje različite molekularne strukture, izopropanol i etanol su različito topljivi. Izopropanol ima rastvorljivost od 10,6% (po zapremini) u vodi, dok etanol izopropanol ima veću rastvorljivost i dostiže 50% (po zapremini).
Kiselost/ravnoteža: I izopropanol i etanol su alkoholi, poseduju umerenu kiselost i sposobni su da se podvrgnu reakcijama katalizovanim bazama.
